生物工程

FAB-CRISPR：基于抗生素抗性的高效哺乳动物细胞基因编辑技术

CRISPR-Cas9 基因编辑抗生素抗性同源定向修复文章提出了一种名为FAB-CRISPR的高效基因编辑方法，通过在同源定向修复（HDR）模板中整合抗生素抗性标记，显著提高了哺乳动物细胞中蛋白质标记的敲入效率。该方法支持N端和C端标记，适用于多种应用场景，如活细胞显微成像和邻近标记蛋白质组学。实验结果表明，FAB-CRISPR在多种细胞系中实现了接近100%的编辑效率，并通过Western blot、测序和显微成像验证了标记蛋白的表达和功能。该方法为基因编辑研究提供了一种快速、可靠的解决方案。

DeepFM-Crispr：基于深度学习的CRISPR靶向效应预测模型

深度学习 CRISPR-Cas13d RNA编辑靶向效率预测文章提出了一种名为DeepFM-Crispr的新型深度学习模型，用于预测CRISPR-Cas13d系统的靶向效率和脱靶效应。该模型结合了大型语言模型（RNA-FM）和Transformer架构，通过分析RNA序列的进化与结构信息，生成高维嵌入表示，从而提升预测准确性。实验结果表明，DeepFM-Crispr在预测sgRNA效率方面显著优于传统机器学习方法和现有深度学习模型，其AUC和AUPR分别达到0.88和0.69。该模型为RNA靶向基因编辑提供了高效、可靠的计算工具，具有广泛的应用潜力。

基于手绘图像的因果表征学习在帕金森病诊断中的应用

帕金森病因果表征学习手绘图像分析文章提出了一种基于手绘图像的深度学习框架，用于帕金森病的早期诊断。该研究结合变分自编码器和因果表征学习技术，从简单的手绘螺旋和波浪线图像中提取与帕金森病相关的因果特征。研究结果表明，该方法不仅能有效识别震颤和僵硬等关键症状，还能在诊断任务中达到90%的准确率。相比传统CNN方法，该框架具有参数少、鲁棒性强的优势，为帕金森病的非侵入式诊断提供了新思路。

纳米颗粒揭示炎症反应中淋巴结生物力学的永久性与可逆性变化

淋巴结生物力学炎症反应纳米颗粒追踪文章研究了淋巴结在炎症反应中的生物力学变化，通过纳米颗粒追踪技术（MPT）分析了弹性模量、损耗模量、微粘度和孔径等参数。研究发现，急性炎症期间淋巴结的生物力学特性发生显著改变，且这些变化在炎症消退后部分永久保留。此外，研究首次揭示了性别对淋巴结生物力学的影响，雌性小鼠的淋巴结在炎症高峰期表现出更高的弹性模量和损耗模量，而雄性小鼠则相反。慢性炎症未引起类似的生物力学变化。这些发现为理解淋巴结在免疫反应中的结构-功能关系提供了新视角。